Město je postavené na strategicky významném místě. Leží na pobřeží pevninského Řecka naproti Peloponésu a hlídá západní vstup do Korintského zálivu. Ve středověku bylo město důležité jako zastávka pro zásobování křesťanů při cestách do Svaté země a mezistanicí mezi východem a západem.

Město bylo opevněné už ve starověku. Akropol pravděpodobně byla na kopci, kde nyní stojí pevnost.
V 8. a 9. stol bylo město zničeno vpádem Slovanů.
Po 4. křižácké výpravě Nafpaktos připadl Benátkám. Tehdy se začal používat název Lepanto nebo Nepanto. V roce 1210 město přešlo pod vládu Despotata Epirusu. V roce 1294 město dostal věnem Filip I. z Tarantu. Až do 15. stol. se ve vládě střídali Albánci, Turci a Benátčané. Začátkem 15. stol. Benátčané opravili byzantské hradby a postavili pevnosti u moře. V roce 1499 Nafpaktos dobyli Turci a osvobozen byl až v roce 1829, kdy se  stal součástí novodobého řeckého státu.

Nyní je Nafpaktos malé město s hezkou velkou pláží, mnoha stylovými kavárnami okolo přístavu, kde v létě kotví jachty, diskotékami a bary na pobřežní silnici. Najdete tady hotely všech kategorií.

Přímo u Nafpaktu došlo 7.10.1571 k velké a známé bitvě mezi křesťany a Turky. Papež Pius V. svolal tzv. Svatou ligu, ke které se přihlásil papežský stát, Španělsko, Benátky a další menší státy.Této bitvy se zúčastnil i spisovatel Cervantes. Na památku je jeho socha postavená v jedné z pevností u přístavu.
Dvě malé kruhové pevnosti na pobřeží  chránily přístav. Od nich se táhly 4 linie hradeb nahoru k pevnosti. Vytvářely tak 5 obranných zón. Na kopci vysokém 200 m stála pevnost, která měla 4 brány a velkou nádrž na vodu, ze které se čerpala voda v období obléhání. Obranné zdi okolo pevnosti se dochovaly ve slušném stavu. Ze způsobu stavby a použitého materiálu jsou na některých místech zřetelná různá období od starověku, přes byzantské období až po období nadvlády Benátčanů a Turků.