Με την ιδέα για την ίδρυση του πανεπιστημίου, όπου θα δίδασκε τα ελληνικά,

ήρθε ο Φιλέλληνας  Frederic North,  Λόρδος Guilford. Όταν τα Ιόνια νησιά τέθηκαν υπό την κυριαρχία της Αγγλίας, σχεδόν τίποτα δεν εμπόδιζε  να εφαρμόσει την ιδέα του. Ο Λόρδος Guilford προετοιμάζονταν πολλά χρόνια το έδαφος για την έναρξη της ακαδημίας. Τοπική αριστοκρατία δεν υποστήριζε τις προσπάθειές του. Δεν ήθελαν να χάσουν μια προνομιακή θέση, αφού οι απόγονοί τους μπορούν  να σπουδάσουν στην Ιταλία, τότε γιατί να επιτρέπουν την εκπαίδευση σε ευρύτερα στρώματα; Επιπλέον, υπήρχε και άποψη που υποστήριξε  Ιωάννης Καποδίστριας, ότι η εκπαίδευση στη σύγχρονη ελληνική πολιτεία πρέπει να οικοδομηθεί από τα κάτω, από τα δημοτικά σχολεία. Ο Λόρδος Guilford με δικά του έξοδα σπούδασε στα ευρωπαϊκά πανεπιστήμια φοιτητές οι οποίοι  μετά την ολοκλήρωση των σπουδών  θα διδάξουν  στην Ιόνιος Ακαδημία. Λόρδος Guilford ήθελε να ανοίξει τέσσερις σχολές: Θεολογίας, Νομικής, Ιατρικής και Φιλοσοφία. Αλλά δεν ήταν δυνατόν να χρηματοδοτήσει τις τέσσερις σχολές.

Τα επίσημα εγκαίνια έγιναν στις 29 Μαΐου 1824. Ο Λόρδος Guilford πέθανε απρόσμενα το 1827. Η Ιόνιος Ακαδημία λειτουργούσε κατά διαστήματα μέχρι το 1864.

Το σημερινό Ιόνιο Πανεπιστήμιο άνοιξε μετά από χρόνια προσπαθειών, το 1985. Πρώτα Τμήμα  Ιστορίας. Το 1986 άνοιξε Τμήμα Ξένων Γλωσσών, Μετάφρασης και Διερμηνείας, το 1992 Σχολή Μουσικής, το 2003 Τμήμα Βιβλιοθήκης και Αρχειοθέτησης, το 2004 Σχολή Επιστήμης Υπολογιστών και Πολυμέσων και το νεότερο το 2009 Τμήμα Ασιατικών Σπουδών