Jonská Akademie byla založena na Korfu v roce 1824 jako první novodobá řecká univerzita.

  S myšlenkou založit univerzitu, kde by se vyučovalo řecky, přišel Angličan filhelén  Frederic North, lord Guilford. Když se Jonské ostrovy dostaly pod nadvládu Anglie, vlastně skoro nic nebránilo v tom, aby svoji myšlenku realizoval. Lord Guilford několik let připravoval půdu pro otevření akademie. Místní aristokracie jeho snahy nepodporovala. Nechtěli přijít o výsadní postavení. Jejich potomci mohli studovat v Itálii a proč umožňovat vzdělání širším vrstvám? Kromě toho existoval názor, který podporoval i Ioannis Kapodistrias, že školství v novodobém řeckém státu se musí budovat zespodu, od základních škol. Lord Guilford oslovil řecké vzdělance, ale nesetkal se s kladnou odezvou. Nakonec  na svoje vlastní náklady vydržoval  na evropských univerzitách studenty, kteří by po skončení studií  na Jonské universitě vyučovali. Lord Guilford chtěl otevřít 4 fakulty: teologii, práva, lékařství a filosofii. Nebylo ale možné všechny 4 fakulty financovat.
Oficiální otevření se konalo 29.5.1824. Jonská Akademie nejdřív fungovala blízko metropolitního kostela, potom   v pevnosti a nakonec se přestěhovala natrvalo do kasáren Grimani na náměstí Spianada.
Lord Guilford zemřel nečekaně v roce 1827. S několikaletými přestávkami Jonská Akademie fungovala až do roku 1864, kdy byly Jonské ostrovy připojeny k Řecku.
Budova byla velmi poničená bombardováním v roce 1943. Nyní zde sídlí sekretariát Jonské univerzity.
Nynější Jonská univerzita byla po dlouholeté snaze otevřena v roce 1985. Jako první  vznikla fakulta historie. V roce 1986 byla otevřena fakulta cizích jazyků, překladatelství  a tlumočnictví, v roce 1992 fakulta hudby, v roce 2003 fakulta knihovnictví a archivnictví, v roce 2004 fakulty informatiky a multimédií a nejnovější v roce 2009 fakulta  studií asiatiky.