Ο Ναπολέοντας το 1807 νίκησε τους Ρώσους και τους Πρώσους και σύμφωνα με τη Συμφωνία του Τίλσιτ του 1807,

ξαναπόκτησε την Κέρκυρα και τα υπόλοιπα νησιά του Ιονίου. Η Αγγλία πολιόρκησε και κατέλαβε τη Ζάκυνθο, την Κεφαλονιά, την Ιθάκη και αργότερα (1810) και την Λευκάδα. Το 1810 οι Άγγλοι πολιόρκησαν  και την Κέρκυρα, αλλά οι Γάλλοι κατάφεραν να κρατήσουν το νησί.
Αυτή την περίοδο, κατασκευάζονται στην Κέρκυρα δημόσια έργα και εγκαθιδρύονται οι βάσεις των δημόσιων υπηρεσιών. Το 1808 ιδρύθηκε η Ιόνιος Ακαδημία. Ο Γάλλος Ντονζελό επισκεύασε τα φρούρια, έχτισε καινούριο προμαχώνα και για πρώτη φορά, εισήχθηκαν στην Κέρκυρα πατάτες, ντομάτες και μελιτζάνες, λαχανικά που μέχρι τότε ήταν τελείως άγνωστα. Τότε επίσης, φυτεύτηκαν τα δέντρα στην πλατεία Σπιανάδα.
Το 1814, μετά την ήττα του Ναπολέοντα Βοναπάρτη, οι Γάλλοι παρέδωσαν την Κέρκυρα στους Άγγλους.