Τον 3^ο αι. π.Χ. η Κέρκυρα υπέφερε από πολλές επιδρομές πειρατών μέχρι που τελικά το 229 π.Χ. έπεσε στα χέρια των Ιλλυριών.

Το νησί ήταν πλέον οικονομικά και πολιτικά ασταθές. Το ίδιο έτος - 229 π.Χ.δέχθηκαν οι Κερκυραίοι τους Ρωμαίους ως απελευθερωτές τους. Με αυτή την κίνηση η Κέρκυρα απέκτησε διάφορα προνόμια. Η πόλης-κράτος της Κέρκυρας έμεινε κατά την ρωμαϊκή κατοχή ελεύθερη, με τους δικούς της νόμους, την δική της διακυβέρνηση και το δικαίωμα κοπής νέων νομισμάτων. Για αυτά τα προνόμια, η Κέρκυρα ήταν υποχρεωμένη να παραχωρεί τα λιμάνια και τα πλοία της στους Ρωμαίους. Επειδή η Κέρκυρα ήταν ο πρώτος σταθμός από την Ρώμη προς την ανατολή, χρησιμοποιήθηκε ως πολεμικό λιμάνι και ήταν η έδρα των ρωμαϊκών πληρωμάτων. Στο νησί σταματούσαν και οι ρωμαϊκές λεγεώνες κατά την διάρκεια του ταξιδιού τους προς την ανατολή, για να ξεκουραστούν και να ανεφοδιαστούν. Ακόμη, το νησί ήταν το μέρος όπου ξεκουραζόταν και η ρωμαϊκή αριστοκρατία. Μεγάλη δοκιμασία για το νησί ήταν η ναυμαχία του Οκταβιανού με τον Αντώνιο.  Οι Κερκυραίοι ήταν με το μέρος του Αντώνιου, ένα γεγονός που το πλήρωσαν ακριβά. Μετά τη νίκη του στο Άκτιο το 31 π.Χ., ο Οκταβιανός αγκυροβόλησε με το στόλο του στην Κέρκυρα, κατέστρεψε ολόκληρη την πόλη και σκότωσε όλους τους νέους, ενώ τους ενήλικες άντρες τους έκανε δούλους-κωπηλάτες στα πλοία του. Επιπλέον, στέρησε την Κέρκυρα από την ανεξαρτησία της.

Την εποχή του Τιβέριου και Κλαύδιου, περίπου 70 μ.Χ., κήρυτταν τον χριστιανισμό στην Κέρκυρα οι Άγιοι Ιάσονας και Σωσίπατρος, μαθητές του Αποστόλου Παύλου. Ο Ιάσονας γεννήθηκε στην Θεσσαλονίκη και ήταν επίσκοπος Ταρσού της Κιλικίας, ο δε Σωσίπατρος, καταγόμενος από την Αχαΐα, διετέλεσε επίσκοπος του Ικονίου. Και οι δύο ήρθαν στην Κέρκυρα και έχτισαν έξω από τα τείχη το ναό του Αγίου Στεφάνου, όπου μιλούσαν για την καινούρια θρησκεία. Φυλακίστηκαν και ο Σωσίπατρος πέθανε ως μάρτυρας. Επίσης μαρτύρησε και η κόρη του ρωμαϊκού διοικητή της Κέρκυρας, η Κερκυλίνα. Η νεαρή Κέρκυρα ασπάστηκε τη νέα θρησκεία και για αυτό ο ίδιος ο πατέρας της πρόσταξε να την κυνηγήσουν και να την θανατώσουν. Παρόλο που οι χριστιανοί παρακολουθούνταν στενά, ο αριθμός τους αυξανόταν συνεχώς. Εντός των τριών πρώτων αιώνων χτίστηκαν τρεις εκκλησίες, μια από τις οποίες ορθωνόταν εκεί που σήμερα στέκεται ο Αγίος Ιάσων και Σωσίπατρος.

Από τις σημαντικές ρωμαϊκές προσωπικότητες που επισκέφτηκαν την Κέρκυρα, ήταν ο Νέρο, που απήγγειλε τα ποιήματά του μπροστά από το ναό του Δία, στην Κασσιώπι. Επίσης ήρθαν ο Κικέρων, ο αυτοκράτορας Βεσπασιανός, ο Αντώνιος Πίος και ο Σεπτίμιος Σεβήρος. Μετά το θάνατο του Μεγάλου Θεοδοσίου και τον διαχωρισμό της ρωμαϊκής αυτοκρατορίας, η Κέρκυρα έγινε τμήμα της Ιλλυρίας της ανατολικής ρωμαϊκής αυτοκρατορίας, όπου αργότερα δημιουργήθηκε η βυζαντινή αυτοκρατορία. Εκκλησιαστικά, όμως, η Κέρκυρα ανήκε μέχρι τον 8^ο αι. στον πάπα της Ρώμης.