Το 450 απειλούσαν το νησί οι Βάνδαλοι, ενώ 100 χρόνια αργότερα το πόρθησαν οι Γότθοι υπό τη διοίκηση του Τοτίλα.

Από το 6^ο αι., άρχισαν οι κάτοικοι να εγκαταλείπουν σταδιακά τη χερσόνησο του Κανονιού και να χτίζουν μια καινούρια πόλη ανάμεσα στις δύο κορυφές μιας άλλης χερσονήσου-αυτής όπου σήμερα στέκεται το παλαιό φρούριο. Μέχρι το 10-11^ο αι. δεν γνωρίζουμε πολλά για τη ζωή των κατοίκων της Κέρκυρας. Οπωσδήποτε η πόλη επεκτεινόταν, ενώ οι προσπάθειες για άλωση του νησιού ήταν συχνές. Γνωρίζουμε ότι κατά τη βυζαντινή εποχή οι Κερκυραίοι ήταν αναγκασμένοι να πληρώνουν υψηλό φόρο, χωρίς να τους παρέχεται καμία στρατιωτική βοήθεια από τη βυζαντινή αυτοκρατορία κατά τις επιθέσεις των Σαρακηνών το 7-11^ο αι. ούτε κατά τις επιθέσεις των Νορμανδών στα τέλη του 11^ου αι. Εκτός από αυτά, οι Κερκυραίοι ήταν επίσης υποχρεωμένοι να υπηρετούν στο στρατό και να ακολουθούν τον βυζαντινό αυτοκράτορα σε όλους τους πολέμους. Εκκλησιαστικά η Κέρκυρα ανήκε μέχρι το 8^ο αι. στον πάπα της Ρώμης. Το 10^ο αι. η κερκυραϊκή αρχιεπισκοπή μετατράπηκε σε μητρόπολη και πρώτος μητροπολίτης εκλέχθηκε ο Αρσένιος (876-953).
Το έτος 1081 η Κέρκυρα αλώθηκε από τους Νορμανδούς υπό τον Ροβέρτο Γισκάρδο. Όταν δεν ήταν παρών ο Γισκάρδος, ο κερκυραϊκός λαός επαναστάτησε εναντίων των Νορμανδών και την ευκαιρία αυτή εκμεταλλεύτηκε ο βυζαντινός αυτοκράτορας Αλέξιος Κομνηνός και κατέκτησε την Κέρκυρα. Τότε οι κάτοικοι του νησιού ζήτησαν για πρώτη φορά τη βοήθεια της πανίσχυρης και πλούσιας Βενετίας. Η μάχη Βενετών-Νορμανδών για το ποιος θα κυριαρχήσει την Κέρκυρα, τελείωσε με νίκη των Νορμανδών, το 1087. Δεν είναι γνωστό πότε ακριβώς ξαναέγινε η Κέρκυρα τμήμα της βυζαντινής αυτοκρατορίας, αλλά ξέρουμε πως το 1148, ο εγγονός του Ροβέρτου, ο Ρογήρος, την κατέκτησε ξανά. Οι Νορμανδοί οχυρώθηκαν στη χερσόνησο του παλαιού φρουρίου και άντεξαν την πολιορκία των Βυζαντινών για ένα ολόκληρο χρόνο. Τελικά, όμως, υπέκυψαν.

Μεγάλη πρόκληση για το νησί ήταν ο ερχομός των στρατευμάτων της τέταρτης σταυροφορίας, το 1203. Η θάλασσα ήταν γεμάτη με βενετσιάνικα πλοία. Το 1204, οι σταυροφόροι άλωσαν την Κωνσταντινούπολη και μοιράστηκαν την βυζαντινή αυτοκρατορία. Η Κέρκυρα, ανάμεσα σε άλλα ελληνικά εδάφη, περιήλθε στη Βενετία. Το ίδιο έτος κατέκτησε την Κέρκυρα ο κουρσάρος Βετράνο από τη Γένοβα, αλλά επειδή ήταν ιδιαίτερα αντιπαθής, φυλακίστηκε και στην συνέχεια απαγχονίστηκε. Το 1214 η Κέρκυρα αποτελεί τμήμα του Δεσποτάτου της Ηπείρου, μέχρι το 1267, που ο Δεσπότης της Ηπείρου, Μιχαήλ Β’, έδωσε την Κέρκυρα ως προίκα στην κόρη του Ελένη, πριν από το γάμο της με το Μανφρέδο. Ο Μανφρέδος όμως πέθανε το ίδιο χρόνο στη μάχη με τον Κάρολο των Ανδεγαβών, τον αδερφό του βασιλιά της Γαλλίας. Έτσι οι κτήσεις του Μανφρέδου περιήλθαν στο νικητή της μάχης, δηλαδή στον Κάρολο Α’ τον Ανδεβαγό, πλέον τον βασιλιά της Νάπολης και της Σικελίας. Περίπου 100 χρόνια διήρκεσε η κατοχή των Ανδεγαβών κατά την διάρκεια της οποίας χτίστηκε τον 14^ο αι. ο πύργος στην υψηλότερη κορυφή και κοντινότερη προς την πόλη και ονομάστηκε Νέος Πύργος ή αλλιώς ο Πύργος της Ξηράς. Απελπισμένοι οι κάτοικοι της Κέρκυρας ζήτησαν τη βοήθεια της Βενετίας για δεύτερη φορά και έτσι, το 1386, οι Βενετοί κατέκτησαν την Κέρκυρα και η κυριαρχία τους επί της Κέρκυρας κράτησε μέχρι το 1797.